Pripombe inšpekcije so bile usmerjene na nejasnost meril z razpisnimi pogoji, na nepopolnost vlog zahtevkov, saj noben od vlagateljev ni v celoti predložil zahtevane dokumentacije, in na čas izvršitve vlaganj. Iz materialne in razpisne dokumentacije je inšpekcija ugotovila, da so med koristniki odobrenih sredstev tudi takšni koristniki, ki so priloženo dokumentacijo za javni razpis celo potvorili, saj so izvajanje naložb dokazovali samo s ponudbami oziroma predračuni.
Javni razpis za subvencioniranje zadružnih vlaganj oziroma za prestrukturiranje zadrug sicer nalaga prosilcem pripravo zelo zahtevne dokumentacije, vendar to ne opravičuje ministrstva, da je izvajalo financiranje v nasprotju z javnim razpisom in financiralo programe vlagateljev, ki niso v celoti predložili zahtevane dokumentacije oziroma so, kot navaja proračunska inšpekcija, priloženo dokumentacijo celo potvorili.