Financiranje je izvajalo iz proračunske postavke "financiranje prestrukturiranja zadrug." Nadalje, da je ministrstvo izvajalo subvencioniranje pospeševanja kmetijstva v občinah v nasprotju s pogoji razpisa za sofinanciranje programov pospeševanja kmetijstva, ki jih izvajajo občine, financiranje pa se je izvajalo iz proračunske postavke "podpora ukrepom za pospeševanje kmetijstva v občinah."
Ugotavljamo namreč, da je vlada Republike Slovenije 4. marca 1999 na podlagi 72. člena zakona o izvrševanju proračuna Republike Slovenije poslala državnemu zboru in računskemu sodišču Republike Slovenije poročilo o delu službe za proračunsko inšpekcijo ministrstva za finance v obdobju januar-junij 1998.