Organ upravljanja sklada se pri tem vse prevečkrat zlorablja za prikrivanje takšnih odločitev. Ena izmed ključnih nepravilnosti s škodljivimi finančnimi posledicami za poslovanje sklada je malomarna izpolnitev in zloraba javnega pooblastila, ki je bilo skladu dano z določbo zadnjega odstavka 17. člena zakona o skladu kmetijskih zemljišč. Določba se glasi: "Sklad določi višino za kupnine oziroma odškodnine za koncesijo, amortizacijsko dobo vlaganj v zemljišča in trajne nasade po tretjem odstavku tega člena ter pogoje in merila za vračunavanje kupnine v zakupnino oziroma odškodnino iz prejšnjega odstavka v 6 mesecih po uveljavitvi zakona".