Številne nepravilnosti pri poslovanju sklada so neposredno povezane z izvajanjem politike ministrstva oziroma izvajanjem interesne strankarske politike. Organ upravljanja sklada se pri tem vse prevečkrat zlorablja za prikrivanje takšnih odločitev. Ena izmed ključnih nepravilnosti s škodljivimi finančnimi posledicami za poslovanje sklada je malomarna izpolnitev in zloraba javnega pooblastila, ki je bilo skladu dano z določbo zadnjega odstavka 17. člena zakona o skladu kmetijskih zemljišč.