Kajti v drugem odstavku 9. člena zakona o skladu kmetijskih zemljišč in gozdov Republike Slovenije je določeno, da delo sklada nadzira ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in ministrstvo za finance. Organ upravljanja sklada je svet sklada, ki ima predsednika in 8 članov, od tega 5 predstavnikov ustanovitelja in 3 predstavnike uporabnikov. S področja, ki ga pokriva ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, sta v svetu sklada dva predstavnika.