Vlada vpliva na delovanje centra šolskih in obšolskih dejavnosti prek svojih predstavnikov v organu upravljanja in na primer z izdajanjem soglasja k imenovanju direktorja. Organ upravljanja CŠOD je svet. Svet poleg predstavnikov delavcev sestavljajo tudi trije predstavniki ministrstva za šolstvo in šport, en predstavnik ministrstva za znanost in tehnologijo in en predstavnik ministrstva za kulturo.