Enako je ministrstvo ravnalo tudi ob poročilu prvostopenjskega senata, senat dva pa je ministrstvu naložil, da vzpostavi takšne notranje kontrole, ki bodo zagotavljale učinkovito, zakonito in gospodarno poslovanje. Ministrstvo za šolstvo in šport je postavljeni sistem notranje kontrole v zadnjih letih izpopolnjevalo. Tudi na podlagi opozoril računskega sodišča je razvilo računalniški program, s katerim je ustvarjena baza podatkov vseh zaposlenih v šolah, zajeta z obrazci KOT in KOM, ki rabijo kot podlaga za nadaljnje preveritve.