Ker ima tako postavljen sistem, ima državni zbor torej bistveno novo, najpomembnejšo funkcijo, je tudi komisija državnega zbora za nadzor opredeljena kot najpomembnejše nadzorno telo, ki stopa v novo korelacijo z vlado in drugačno korelacijo z vlado Republike Slovenije. Vlada je po določbah zakona dolžna obveščati komisijo za nadzor o ugotovitvah s področja dela agencije ter ji posredovati poročila o uporabi posebnih oblik pridobivanja metod in sredstev, s katerimi se -prvenstveno tiste - s katerimi se neposredno posega v človekove neodtuljive pravice.
Razen tega dobiva komisija še tromesečne in mesečne podatke o vseh oblikah dela.