V skladu s tem je bil ustanovljen tudi Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije, kateremu pa je zakon naložil obsežne in zahtevne naloge. Med temi so bili najpomembnejši projekt pravne in organizacijske vzpostavitve sistema odločanja v zdravstvenem zavarovanju, ureditev obsega in uveljavljanja pravic zavarovancev, določanje standardov in varstva pravic v obveznem zdravstvenem zavarovanju. Vzpostavljene so bile službe zavoda, delo izvedenskih organov in sistem nadzora nad izvajanjem pogodb ter uresničevanjem pravic zavarovancev.