Takega ravnanja ni dopuščala niti katoliška niti protestantska duhovščina. Herberstein je v svojih Zapiskih opazil vsemogočnost III. na cerkvenem področju in njegov poskus razglasiti samega sebe za najbližjega Bogu. V nasprotju z mnenjem F. sicer lahko ta poskus ocenjujemo kot izraz teoloških ambicij III., torej kot težnjo velikega kneza, da poosebi tako posvetno kot cerkveno oblast.