Toda Ljubljančani so se postavili za Trubarja in tako je kljub cesarjevemu povelju in škofovi jezi ostal kot pridigar v Ljubljani.
Reformacija ni dala slovenskemu narodu samo knjižni jezik, dala mu je tudi šolo. L. 1563 so odprli v Ljubljani gimnazijo, poleg tega pa so še nastale šole po drugih večjih krajih. Sredi dela je Trubarja spet zalotil cesarjev ukaz, da naj se ga zapre.