Ampak ko so se začeli ženiti tudi drugi duhovniki in ko je škof -- ki ga skoro nikoli ni bilo v Ljubljani -- zvedel, da obhaja Trubar v obojni podobi (vino in kruh) -- očitni znak luteranstva -- je izdal leta 1547 ukaz, da naj primejo in zapro vse glavne protestante; tudi Trubar je bil med temi. Nekatere so res zaprli, Trubar pa je bil na svoji fari Št. na Dolenjskem (takrat je bilo redko, da je župnik pogledal na svojo faro) in je od tam skrivaj odšel v.