Tam je pridigal do l. 1540. Njegovi nauki so imeli tak vpliv, da je boljši del duhovščine začel prestopati na stran reformacije.
Leta 1540 je pa bil Trubar na kraljevo povelje izgnan iz Ljubljane; dve leti pozneje pa ga je škof Kacijanar spet poklical iz Loke v Ljubljano. Leta 1544 pa je postal ljubljanski škof, prijatelj Lojole, ustanovitelja jezuitskega reda; vendar sta tam pridigala Trubar in protestant Wiener, ki se je bil že oženil.