Kranjski stanovi so mu nato dali špitalsko cerkev na razpolago. Tam je pridigal do l. 1540. Njegovi nauki so imeli tak vpliv, da je boljši del duhovščine začel prestopati na stran reformacije.
Leta 1540 je pa bil Trubar na kraljevo povelje izgnan iz Ljubljane; dve leti pozneje pa ga je škof Kacijanar spet poklical iz Loke v Ljubljano.